Para arkeolog terkejut dengan temuan benda bersejarah di pulau Natuna tersebut. Arkeolog Pusat Penelitian Arkeologi Nasional, Sonny Chr. Wibisono menyebut setidaknya ada empat situs masa prasejarah di Kabupaten Natuna.
Berikut sejumlah hasil temuan arkeologi zaman ketika tulisan belum dikenal (prasejarah) yang dihimpun para peneliti di Pusat Penelitian Arkeologi Nasional.
Batu Sindu: Jejak Awal Hunian Penduduk Natuna,Bukti hunian penduduk Natuna terdiri dari tujuh beliung di permukaan tanah, di antara blok-blok granit, kompleks ceruk Batu Sindu yang berada di Kelurahan Ranai, Pulau Bunguran.
Pecahan tembikar dari Situs Ceruk Batu Sindu terdiri dari tembikar slip merah polos. Di situs ini juga ditemukan jenis tembikar dengan hiasan yang disebut tatap bercap atau berukir yang banyak ditemukan di situs-situs di Asia Tenggara Daratan bahkan Malaysia.
Tak hanya tembikar tatap bercap, peneliti juga menemukan corak tembikar berhias geometris pola tumpal, sebuah corak yang populer di antara kawasan Sahuyn Vietnam dan Kalanay Filipina.
Benggong merupakan wadah kayu berbentuk perahu lesung ditemukan di Desa Setapang, sebelah utara Kota Ranai. Peneliti menduga situs ini sebagai peti kubur.Pemacokan di sekitar lokasi ekskavasi menghasilkan sebuah keramuk utuh, berupa mangkuk dari China saat Dinasti Yuan abad ke-13 dan 14.
Penemuan Kerangka Manusia di Desa Sepempang dan Situs Tanjung Di Desa Sepempang, Kecamatan Bunguran Timur, Kabupaten Natuna para arkeolog menemukan lahan wakaf di kebun kelapa dan semak belukar. Di permukaan lahan, banyak ditemukan pecahan keramik, tembikar, dan tulang belulang.
Melalui ekskavasi arkeologis yang dilakukan, ditemukan kerangka manusia pada kedalaman 40 hingga 60 Centimeter. Posisi kerangka membujur miring, kepala menghadap barat daya, orientasi kubur kepala di arah barat laut dan kaki di sebelah tenggara.